Der Einsamkeit konnte Sophie auch nicht entgehen, als sie 1799 den Pädagogen August Ferdinand Bernhardi, einen Freund ihres Bruders Ludwig, heiratete. Zwar begegneten sich die Eheleute zunächst noch in ihrem literarischen Interesse und veröffentlichten gemeinsam Erzählungen in der Literaturzeitschrift „Bambocciaden“ (in nebenstehender Ausgabe aus dem Jahr 1800 finden sich Erzählungen Sophies), aber im Umgang blieben sie einander fremd. Sophie klagte über mangelnde Achtung und seelische Kränkungen, die sie in eine ernste Liebesaffäre mit August Wilhelm Schlegel trieben. „Ich hätte vielleicht mein Leben in Verzweiflung geendet, da wurden Sie mir zum Schutze vom Himmel gegeben und nur Sie allein lehrten mich wieder hoffen,“ schrieb sie an Schlegel. Aber sie trennte sich von beiden, Bernhardi und Schlegel. Brüche und Widersprüche. Ein neuer Beschützer war in ihr Leben getreten, der estnische Baron Carl Gregor von Knorring, der sich mit der Übersetzung russischer Literatur befasste.
Zusammen mit diesem und den aus der Ehe mit Bernhardi hervorgegangen Kindern Wilhelm und Felix Theodor verließ sie im Mai des Jahres 1804 unter einem Vorwand Berlin, um entweder bei den Brüdern Ludwig und Friedrich in Dresden oder Weimar zu leben oder in anderen Städten Deutschlands Station zu machen. Ende März 1805 ging es dann weiter über die winterlichen Alpen nach Italien, um möglichst vor den Nachstellungen des Ehemannes sicher zu sein. In Rom mietete man sich in einem weitläufigen Palazzo am Fuße des Monte Cavallo ein – vielleicht in einem der Paläste, die auf nebenstehenden Stichen zu sehen sind – und führte zusammen mit den Brüdern, die bald nachkamen, ein aufwändiges Leben. Man verkehrte mit deutschen Gelehrten und Künstlern, die sich gerade in Rom aufhielten, machte neue Bekanntschaften und pflegte die Geselligkeit. Sophie schrieb Gedichte und nahm ihr episches Gedicht „Flore und Blanscheflur“ in Angriff.
Beeinträchtigt wurde das schöne Leben in Rom allerdings durch den aufsehenerregenden Scheidungsprozess, den August Ferdinand Bernhardi eingeleitet hatte, und einen erbitterten Kampf um das Sorgerecht für die Kinder. Es heißt, dieser Prozess habe die Berliner Romantik gespalten.
Finanziell völlig ruiniert war Sophie schließlich gezwungen, sich im September 1807 zusammen mit den beiden Knaben wieder auf den Rückweg nach München zu machen, von dort aus Anfang Oktober nach Prag und Wien aufzubrechen, um dort mit dem auf der Suche nach finanzieller Unterstützung befindlichen Baron von Knorring erneut zusammenzutreffen. In Wien mietete man sich wieder in einer eleganten Wohnung ein, besuchte die Vorlesungen A.W. Schlegels und pflegte Kontakte zu einflussreichen Persönlichkeiten, die die junge Frau beim Kampf um ihre Kinder unterstützen sollten. Dennoch erlebte Sophie Ende des Jahres 1808 in München das traumatische Ende des von ihr verlorenen Scheidungsprozesses. Sie sollte beide Kinder an Bernhardi abgeben, konnte aber einen Vergleich mit diesem schließen. Bernhardi war so ‚großmütig’, ihr den Sohn Felix Theodor zu lassen. Wilhelm ging mit dem Vater nach Berlin.